Tıptaki uygulamaların çok hızlı değiştiğini ve geliştiğini anlatan Patoloji Uzmanı Prof. Dr. Hüseyin Baloğlu, “Mesela eskiden bir organa girip iğneyle biyopsi almak çok kolay ve sıklıkla uygulanan bir yöntem değildi. Genellikle tanısal örneklemeler, yani biyopsi uygulamaları genel anestezi altında yapılırdı. Artık öyle değil, teknoloji gelişti. İğneyle vücudun her tarafına ulaşıp anormal dokulardan biyopsi almak mümkün. Tabii bu yöntem her zaman başarıya ulaşmayabiliyor. Bazı durumlarda yeterince tümör hücresine ulaşamayabiliyoruz. Bu durumda da likit biyopsi yöntemleriyle kandan ya da vücut boşluklarındaki sıvılar içinden tümöre ait hücre ürünlerini toplayabiliyoruz. Her iki durumda da tümöre ait örneklerden NGS tekniği ile yüzlerce gen hedefini inceleyecek teknolojileri kullanabiliyoruz. NGS sayesinde tek bir hücre, DNA veya RNA’dan çok sayıda kopyalar oluşturabiliyor ve o kopyaların her birini birçok gen analizi için kullanabiliyoruz. Yani burada tümöre ait küçücük bir DNA miktarını yüz binlerce, binlerce kez çoğaltabiliyoruz” diye konuştu.
Tümöre ait genetik materyal çoğaltılarak analiz ediliyor
NGS’in en önemli avantajının, elde çok az tümör dokusu olduğunda tümöre ait genetik materyalin, yani DNA ve RNA içeriğinin bu yöntemle çoğaltılabilmesi olduğunun altını çizen Patoloji Uzmanı Prof. Dr. Hüseyin Baloğlu, sözlerine şöyle devam etti:
“Eskiden hastadan çok genli analizler için yeterince büyük bir tümör örneği alınması gerekiyordu. Ancak NGS teknolojisi, çok az tümör örneğinden bile çok sayıda gen analizi yapmamıza olanak sağlayabiliyor. Aynı anda insandaki 46 kromozomun her bir noktasını ayrı ayrı analiz edebiliyoruz. Bu yöntemin, ihtiyaç duyulduğunda tanısal amaçla kullanımı da büyük avantaj çünkü bazı genetik değişiklikler bir tümörün imzası niteliğinde. Bütün bu yenilikler de kanserle savaşta çok büyük bir avantaj.”
Tedaviyi şekillendirmeye yardımcı oluyor
NGS’in tanısal amaçla kullanılabildiğini ancak asıl tedaviyi şekillendirmek için hekimlere yol göstermesi açısından önemli olduğunu dile getiren Prof. Dr. Hüseyin Baloğlu, “Belli genetik değişiklikleri saptayarak hastaya hangi ilaçların etki edeceğini ya da etki etmeyeceğini tespit edebiliyoruz. Yüzlerce gene etki eden ilaçlar var. ‘Akıllı ilaçlar’ diye bilinen ilaçların hedef tümör hücresinde etki oluşturması için gereken genetik değişiklik bu tümörde var mı diye bakıyoruz. Küçük bir tümör dokusundan bütün bu analizleri yapabiliyoruz. Bu, önemli bir avantaj” diye konuştu.
Akciğer, bağırsak ve yumuşak doku kanserlerinde uygulanıyor
Her tümörün NGS ile incelenebileceğini vurgulayan Prof. Dr. Hüseyin Baloğlu, şunları da ekledi:
“Hem DNA hem RNA analizleri yapılabilir. Hedefe yönelik, yani çevre dokulara zarar vermeden direkt olarak tümörü yok etmeye yönelik geliştirilmiş ilaçlar var. İlaçların etki edeceği, tümörlerin üzerindeki bu hedefleri belirlemek için de NGS kullanılabilir. Hedefi belirlerseniz, o hedefe yönelik akıllı ilaç kullanabilir, tümörü yok edebilirsiniz. Örneğin akciğer kanseri, bağırsak kanseri ve yumuşak doku kanserlerinde (Sarkom) çok fazla hedef var. Bu hedefleri tespit edip tedavide o hedeflere yönelik ilaç kullanılabilir. Pankreas kanserinde daha az hedef var. Burada daha az kullanıyoruz NGS yöntemini. Bütün standart tedavi yollarının tükenmiş olduğu, hastalığın ilerlediği durumlarda ise, acaba bu hastalar için başka tedavi hedefinin olup olmadığını araştırmak için de kullanıyoruz.”
Türkiye’de son 2-3 yıldır yaygın olarak uygulanıyor
Tıp dünyasında, özellikle de onkolojide yaklaşık 10 yıldır kullanılan NGS’in Türkiye’de son 2-3 senedir yaygınlaşmaya başladığını belirten Prof. Dr. Hüseyin Baloğlu, “Tümöre ait parafin bloklar elimizde ise, önce bu tümör dokusundan DNA/RNA elde ediliyor. Sonra bunların kalite ve miktar ilişkili yeterlilik değerlendirmeleri yapılıyor. Sonra da hedef nükleik asit dizilerinin spesifik olarak küçük parçalar halinde okunması için ön işlemler tamamlanıyor ve çoğaltarak okuma aşamasına aktarılıyor. Bu okuma işleminin tamamlanması bekleniyor ki bu işlem okuma uzunluğuna göre değişmekle birlikte 1-2 gün sürüyor. Sonra okuma verileri normal insan genomu verileriyle elektronik yazılımlar ile eşleniyor. Alınan veriler tümör tipine göre analiz edilerek raporlanıyor. Bu akış yaklaşık 4-6 gün sürüyor. Ancak maliyet etkinliği amacıyla bu süreler 4-6 haftaya uzatılabiliyor” dedi.
